De Secretaris Generaal(SG) bij het ministerie is voorzitter van het Management Team (MT en is eindverantwoordelijk voor de bedrijfsvoering van het gehele ministerie. De SG is tegelijk de eindverantwoordelijke binnen het ministerie voor het beleid en de beleidsorganisatie.

Het Ministerie van Economische Ontwikkeling bestaat uit de volgende Sectoronderdelen:

• Economische Inspectie
• Sector Ondernemen
• Sector Economische Ontwikkeling en Innovatie (EO&I)
• Sector Buitenlandse Economische Samenwerking (BES)