Het Ministerie van Gezondheid, Milieu en Natuur bestaat uit twee sectoren namelijk; Sector Gezondheid en sector Landbouw, Milieu en Natuur (LMN).

Sector Gezondheid bestaat uit de uitvoeringsorganisaties Geneeskunde en Gezondheidszaken (UO G&Gz) en Veterinaire Zaken (UO VZ) en Sector LMN bestaat uit Milieu & Natuurbeheer (MNB) en Agrarisch en Visserijbeheer (AVB). Aan het hoofd van iedere sector staat een sector directeur, even als een beleidsdirecteur aan het hoofd van de afdeling beleid.

Daarnaast bestaat het ministerie eveneens uit een Inspectie afdeling die een onafhankelijke positie heeft binnen het ministerie.